La PCR digital es un nuevo enfoque para la detección y cuantificación de ácidos nucleicos que ofrece un método alternativo a la PCR cuantitativa en tiempo real convencional para la cuantificación absoluta y la detección de alelos raros. La PCR digital funciona mediante la partición de una muestra de DNA o ADNc en muchas reacciones de PCR individuales en paralelo; algunas de estas reacciones contienen la molécula objetivo (positivo), mientras que otras no (negativo). Una sola molécula se puede amplificar un millón de veces o más. Durante la amplificación, se utiliza la química TaqMan® con sondas etiquetadas con fluoróforos para detectar objetivos específicos de secuencia. Cuando no hay ninguna secuencia de destino presente, no se acumula ninguna señal. Tras el análisis de PCR, la fracción de reacciones negativas se usa para generar un recuento absoluto del número de moléculas de la muestra, sin necesidad de estándares ni controles endógenos.
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